% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
%\documentclass[fleqn,allpages]{ISTE_science}%[2018/07/30]
\documentclass[french,fleqn,allpages]{ISTE_Science}
\usepackage[sectionbib]{natbib}
\usepackage[french,english]{babel}
\usepackage[small,center]{subfigure}
\makeatletter
\renewcommand{\@thesubfigure}{\alph{subfigure})\hskip\subfiglabelskip}
\renewcommand{\@@thesubfigure}{(\alph{subfigure})}
\makeatother
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lscape}
\usepackage {diagbox}
\usepackage[figuresright]{rotating}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{grffile}
\usepackage[intoc]{nomencl}
% \bibliographystyle{agsm}
%\usepackage[sectionbib]{chapterbib}
% \usepackage[sectionbib]{natbib}
%\usepackage{bibtopic}
\usepackage[nottoc,notlof]{tocbibind}
\usepackage[subfigure]{tocloft}
%\usepackage[tight,k-tight]{minitoc}
\usepackage{pgfplots}
%\addtolength{cftfignumwidth}{10pt}
%\renewcommand\bibsection{\section{\bibname}}
%\setlength{\bibsep}{3pt}
%\setcitestyle{citesep={~;}}
%\setcitestyle{aysep={}}
%\let\cite=\citep
%\makeatletter
\usepackage{array,multirow}
\usepackage{mdframed}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{calc,shapes,patterns,positioning,fit,backgrounds,decorations,chains}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing, shapes}
\usetikzlibrary{arrows}
\usetikzlibrary{decorations.markings}
\usetikzlibrary{arrows.meta}
\usetikzlibrary{chains,fit,shapes, shapes.multipart}
\usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
\definecolor{color1}{HTML}{0B5FA5}
\definecolor{color2}{HTML}{87EA00}
\definecolor{color3}{HTML}{D8005F}
\definecolor{color4}{HTML}{FF9400}
\usepackage[vlined,ruled,linesnumbered,french,onelanguage,dotocloa,algochapter]{algorithm2e}
\newcommand{\forcond}{$i=0$ \KwTo $n$}
\SetKwProg{Fn}{Function}{}{end}\SetKwFunction{FRecurs}{FnRecursive}%
\SetAlgoLongEnd
%\usepackage{algorithm}
%\captionsetup[algorithm]{labelsep=colon}
\newcommand\bookbiblio[1]{%
\begin{btSect}[agsm]{#1}
\newpage
\section{Références bibliographiques}
\btPrintCited
\end{btSect}}
%\newenvironment{algorithm}{\begin{algorithm2e}}{\end{algorithm2e}}
\newenvironment{algorithm2e}{\begin{algorithm}}{\end{algorithm}}
\let\oldlistofalgorithms\listofalgorithms
\let\oldnumberline\numberline% Store \numberline
\newcommand{\algnumberline}[1]{#1~}
\renewcommand{\listofalgorithms}{%
\let\numberline\algnumberline% Update \numberline
\oldlistofalgorithms
\let\numberline\oldnumberline% Restore \numberline
}
\renewcommand\listalgorithmcfname{Liste des algorithmes}
%\let\oldminitoc\minitoc
%\renewcommand\minitoc{\oldminitoc\newpage}
\newcommand{\ProblemIO}[4][Sortie]{\vspace{.5em}\begin{mdframed}[linewidth=1.5,frametitle={\colorbox{white}{\space\problem{#2}\space}},nobreak=true]\noindent{\bfseries Entrée~: }#3 \\
{\bfseries #1~: }#4\end{mdframed}}
\usepackage{amssymb, amsthm}
\usepackage{todonotes}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{imakeidx}
\makenomenclature
\makeindex[intoc, columns=2, options= -s Book.ist, title={Index\label{index}}]
%Il s'agit ici du fichier principal, à executer avec xelatex (au lieu de latex), ce qui peut etre sélectionné en cliquant sur menu/compilateur dans overleaf
% La gestion des bibliographies se fait de manière très artisanale (mais nous n'avons pas encore trouvé d'autre solution: (1) compiler l'ouvrage localement en commentant tous les chapitres sauf celui considéré. (2) récupérer le fichier book.bbl associé. (3) le copier dans un fichier "chapX-bibliographie-compilee" (4) commenter la ligne correspondant au bibtex correspondant dans le fichier chapX-main et décommenter la ligne correspondant à la bibliographie compilée
\newcommand{\rmarginpar}[1]{%
\vadjust{\smash{\rlap{\hspace*{\dimexpr\linewidth+\marginparsep}\parbox[t]{\marginparwidth}{\strut\footnotesize
#1}}}}}
\newcommand\mikael[1]{{\color{green!50!black}#1}}
\newcommand\mikaelcomment[1]{\rmarginpar{\mikael{#1}}}
%\newcommand\mikaelst[1]{{\color{green!50!black}{\st{#1}}}\marginpar{A confirmer ou non}}
\newcommand{\kmer}{\ensuremath{k}-mer\xspace}
\newcommand{\kmers}{\kmer{}s\xspace}
% Save the original \input macro
\let\oldinput\input
%\title[Du texte aux graphes]{Du texte aux graphes : méthodes et structures discrètes pour la bioinformatique}
\title{Titre de l'ouvrage}
\author{Prénom \Name{Nom} \\}
\input{Chapitre-2/preamble}
\input{Chapitre-1/commands.tex}
% \usepackage{natbib}
\renewcommand\bibsection{\section{\bibname}}
\setlength{\bibsep}{3pt}
\setcitestyle{citesep={~;}}
\setcitestyle{aysep={}}
\let\cite=\citep
%\usepackage[hidelinks]{hyperref}
%\pdfstringdefDisableCommands{%
% \def\color#1#{\@gobble}%
% }
%\mtcsettitle{minitoc}{Contenu du chapitre}
\newlistof{problems}{lop}{Liste des problèmes}
\newcommand{\problem}[1]{%
\refstepcounter{problem}
\par\noindent\textbf{Problème \theproblem. #1}
\addcontentsline{lop}{problem}
{\protect\numberline{\theproblem}#1}\par
}
\newlistentry{problem}{lop}{0}
\renewcommand{\theproblem}{\thechapter.\arabic{problem}}
\makeatletter
\@addtoreset{problem}{chapter}
\makeatother
\SetAlgoCaptionSeparator{\kern-2pt.}
\def\og{<<~}
\def\fg{~>>}
\pgfplotsset{compat=1.18}
\begin{document}
\fontsize{10}{12.5}\selectfont
% \dominitoc
\maketitle
%\include{Preface}
%\tableofcontents
%\cleardoublepage
\mainmatter
\include{avant_propos}
\cleardoublepage
%\bibliographystyle{agsm}
%\begin{btUnit}
\include{Chapitre-1/Chapitre-1}
%\end{btUnit}
%\renewcommand\input[1]{\oldinput{indexation/#1}}
\include{Chapitre-2/main}
% \renewcommand\input[1]{\oldinput{indexation/#1}}
%\let\input\oldinput
\chapter*{Conclusion}
\input{conclusion/conclusion.tex}
%\backmatter
%\cleardoublepage
%\listoffigures
%\newpage
%\listoftables
%\newpage
%\listofproblems
%\newpage
%\listofalgorithms
\printindex
\end{document}
